Naantalin satama sijaitsee erinomaisessa paikassa Suomenniemen kärjessä. Jäät eivät kovimpinakaan talvina muodosta ongelmia, vaan väylä on avoin ympäri vuoden. Saariston suojaisuuden ansiosta ahtojäistä ei ole haittaa, joten väylä on pienellekin tonnistolle kulkukelpoinen. Satamaan on myös hyvät maantie- ja rautatieyhteydet

Satamassa alkoi uusi aika joulukuussa 1965, kun Siljavarustamon m/s Holmia -alus aloitti autolauttaliikenteen Naantalin ja Tukholman välillä. Siljavarustamo liikennöi Naantalista vuoden 1966 loppuun asti. Vuosina 1974 ja 1975 Silja Line harjoitti rahtiliikenteen kuljetusta Naantalista Tukholmaan.

Matkalippu Siljavarustamon laivalla Naantalista Tukholmaan maksoi keskimäärin 25 markkaa ja henkilöautopaikka 30 markkaa.

Vuonna 1967 liikennöintiä jatkoi Viking Line Oy. Viking Linen autolauttaliikenne Naantalista Kapellskäriin jatkui aina 1990-luvun puoliväliin saakka.

Nykyään matkustajaliikennettä Naantalista Kapellskäriin harjoittaa Finnlines/FinnLink ropax -aluksillaan.