Syksyllä 2002 Silja Operan piti aloittaa risteilyt Helsingistä Pietariin, mutta Venäjän viranomaisten määräämän viisumipakon vuoksi risteilyt peruttiin. Silja Opera aloitti kuitenkin elokuussa 2003 Pietarin risteilyt Helsingistä.

Kesällä 2004 ja 2005 Finnjet liikennöi Pietarista Tallinnan kautta Rostockiin, liikenne lopetettiin kannattamattomana

Silja Opera ja Finnjet käyttivät Vasilin saarella sijaitsevaa Morskoy Voksal -terminaalia. V.A. Sokhin suunnittelemaa matkustajaterminaalia rakennettiin vuosina 1973 - 1983. Terminaalissa on mm. myymälöitä, ravintola sekä hotelli, jota osittain uudistettiin vuonna 2003.

Silja Opera kolaroi syyskuussa 2003 Morskoyn kanavassa kolmen rahtialuksen kanssa ja marraskuussa jäänmurtajan kanssa. Tämän jälkeen Silja Opera aloitti käyttämään Pietarin sataman suurten risteilyalusten laituria ja terminaalia (Commercial Port) tammikuuhun 2004 asti, jotta alus ei joutuisi kulkemaan Morskoy-kanavaa pitkin.