Silja Linen liikenne Vaasasta alkoi, kun Wasa Line yhdistettiin Silja Lineen 1993. Silja Line liikennöi Vaasasta Sundsvalliin sekä Uumajaan.

Silja Line lopetti liikenteensä Vaasasta kesällä 1999, kun verovapaa myynti päättyi Suomen ja Ruotsin välisillä reiteillä. Liikennettä jatkoi vuoden 2000 loppuun asti Silja Linen tytäryhtiö Vaasanlaivat Oy. Matkustajamäärät putosivat rajusti ja liikenne lopetettiin kannattamattomana.

Vaasan satama sijaitsee Vaskiluodossa n. 4 kilometrin päässä keskustasta. Terminaalissa on kahvila ja satama-alueella on maksuton pysäköintialue. Satamassa on kolme lauttapaikkaa, joihin johtaa matkustajasillat

Nykyään rahti- ja matkustajaliikennettä palvelee RG Line Oy, joka liikennöi Vaasan ja Uumajan välillä.